现行四十多年的环境保护管理体制将迎来一场重大变革。根据9月22日中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》（简称《指导意见》），省以下环保部门将垂直管理。
在9月22日环保部召开的新闻吹风会上，环保部地方环保垂直管理工作小组办公室副主任吴舜泽表示，实施“省以下垂直管理”后，市级环保局将改变之前属地管理，实行以省级环保厅（局）为主的双重管理。县级环保局将直接调整为市级环保局的派出分局，由市级环保局直接管理，其人财物及领导班子成员均由市级环保局直管。
在人事任免上，《指导意见》提到，省级环保厅（局）党组负责提名市级环保局局长、副局长，会同市级党委组织部门进行考察，征求市级党委意见后，提交市级党委和政府按有关规定程序办理，其中局长提交市级人大任免。市级环保局党组书记、副书记、成员，征求市级党委意见后，由省级环保厅（局）党组审批任免。
上海交通大学法学院环境资源法研究所所长王曦认为，此举旨在打破地方保护主义。
“以前没有垂直管理的时候，上级环保部门对下级是没有什么约束的，因为下一级环保部门官员的任免和人事管理由地方党委和人大负责。”王曦解释说，“垂直管理就打破了原有体系，市环保局局长任免要经过省环保局的批准。这样省里对地方环保的约束力就加强了，等于是省里在直接管市里的事情。”
自1973年起，按照国务院158号文规定，各地区陆续建立了环保机构，我国环境保护与监管的属地管理模式逐渐形成。这意味着，地方环保部门在接受上级环保部门业务指导的同时，还要作为当地同级人民政府的职能部门而接受地方政府领导，其人事任免、工作经费受同级人民政府的管理。由此导致的地方政府对环保的行政干预颇受诟病，环保机构垂直管理的呼声也越来越高。
2015年，习近平在《关于中共中央制定十三五规划建议的说明》中提到，现行环保体制存在4个突出问题：一是难以落实对地方政府及其相关部门的监督责任，二是难以解决地方保护主义对环境监测监察执法的干预，三是难以适应统筹解决跨区域、跨流域环境问题的新要求，四是难以规范和加强地方环保机构队伍建设。为此，十八届五中全会提出“实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度”。
环保部部长陈吉宁2016年8月31日回复部长信箱时称，为落实好这项重大改革任务，环境保护部、中央编办会同中央组织部、发展改革委等部门组成了垂直管理改革领导小组。
此外，环境保护部先后赴湖北、福建等多个省份调研，广泛深入听取省市县三级党委政府、有关部门、专家代表意见，形成70余万字的调研分析材料，与申请改革试点的12个省份多次对接。还同步开展了合法性审查、政策评估、舆情应对方案编制等工作，先后两次征求有关部门和各省（区、市）政府意见。《意见》起草工作历时7个月，数易其稿。
9月14日，中央办公厅、国务院办公厅向相关部门印发了《指导意见》。
值得注意的是，《指导意见》强化了地方党委和政府及其相关部门的环境保护责任。
此前有专家认为，按照现行法律框架，环境保护是属地责任，如果市、县的环保局不归地方政府管理，地方政府作为主体责任的约束可能也就没有了。
对此，文件指出，试点省份要进一步强化地方各级党委和政府环境保护主体责任、党委和政府主要领导成员主要责任，完善领导干部目标责任考核制度，把生态环境质量状况作为党政领导班子考核评价的重要内容。
此外，市、县环保部门的环境监察、监测职能将上收至省级环保部门。《指导意见》称，市县两级环保部门的环境监察职能将由省级环保部门统一行使，通过向市或跨市县区域派驻等形式实施环境监察。
各省（自治区、直辖市）及所辖各市县生态环境质量监测、调查评价和考核工作由省级环保部门统一负责，实行生态环境质量省级监测、考核。现有市级环境监测机构调整为省级环保部门驻市环境监测机构，由省级环保部门直接管理。
中国政法大学环境法学教授王灿发告诉界面新闻，目前来看，市一级环保局的管理机构仍归地方管，只是环境监察等执法机构归省里执法。法律规定的人民政府对辖区内的环境质量负总体责任应该是不会变的。
吴舜泽解释称，省级环保部门直接管理市级环境监测机构，能确保生态环境质量监测数据真实有效。市级统一管理行政区域内的环境执法力量，有利于依法独立行使环境执法权。
王曦认为，市、县环保部门的环境监察、监测职能上收避免了环保部门既做运动员又做裁判员的情况。省级环保部门直接管理后，地方上的弄虚作假或瞒情不报等做法将有所改观。
目前河北、上海、江苏、福建、山东、河南、湖北、广东、重庆、贵州、陕西、青海等12个省（市）提出了改革试点申请。根据《意见》要求，试点省份要力争在2017年6月底前完成试点工作，形成自评估报告。未纳入试点的省份力争在2018年6月底前完成省以下环境保护管理体制调整工作。到2020年，全国省以下环保部门按照新制度高效运行。
吴舜泽指出，改革将涉及省以下环保行政主管部门人员5万多人，环境监测机构5.9万，环境监察执法机构6.3万人，加起来涉及17万至18万人，其中74%以上在县级，26%左右在市级。
中国人民大学环境学院教授宋国君指出，此次改革的大方向是好的，但类似的机构改革应该跟其对应的职责、管理政策等衔接起来。比如排污许可证制度，如果监察、监测都归省里管，重点源或者固定源的排污许可证全部可由省环保厅来发，也由它来执行。
宋国君认为，试点目前可能还面临一些问题。按照中国原来的环保体制，省环保厅多是负责上传下达，许多具体的事情是市环保局在做，其中包括监测站、监察局这两个主要机构。现在环境监察、监测机构收归到省级，一个省有十几个地级市，具体的监察怎么落实？市环保局的职责是不是要重新调整？这些都需要统筹考虑。
