旧时的日本史书一直宣称天皇是万世一系的，即所有天皇都来自同一家族，日本历史上从来没有出现过王朝更迭。但事实上，中古时期的日本小国林立，最后由位于本州岛中部（奈良）的大和国家于公元5世纪实现统一，大和也就成了日本的别称。大和朝廷成立之前，出现过多次王位的争夺，或许也改易过多个朝代，然而当时的历史记录靠口头背诵神话的史官，而没有可以证明的文字史料留下，是以无由查证。
具体来说，从日本史上首任天皇“神武天皇”（前660年—前585年在位，传为天照大神的后裔）到第九任天皇“开化天皇”，其事迹多来自传说、神话；从第十任天皇“崇神天皇”（前98年—前30年在位）开始，考古学才能确认其实际存在；自第15任天皇“应神天皇”（200年—310年在位）开始，历史之可信度才大为提高，但其血统、所属朝代仍晦暗不明。
从女帝称雄的奈良时代，到迁都后的平安时代
645年大化改新后，确立天皇统治，日本进入封建时代，大和时代结束。
天皇制不长的一段鼎盛时期，贯穿了奈良时代（710-794年），一直到平安时代中期。奈良时代，可以说是女帝称雄的时代。这一时期先后经历了八代天皇（元明、元正、圣武、孝谦、淳仁、称德、光仁、桓武），其中元明、元正跟孝谦三位均为女皇，在位统治近30年。此外，圣武天皇在位的25年，完全由光明皇后在幕后操纵。而淳仁天皇在位的6年，则由已宣布退位的孝谦女皇掌握实权。因此，这一时代真正由男性掌权的只有14年，为光仁天皇跟桓武天皇。
延历十三年（794年），桓武天皇将都城由平城京（即奈良）迁往平安京（即京都），平安时代开始。迁都的那一夜，火树银花，一派祥和的景象，似乎预示着新都“平安京”能够“万年平安”。可在70年后，自平安时代中期开始，皇室颓废，实权外落到藤原氏手中。
天皇无权的凄惨状况持续了1000年左右
自藤原氏政权起，经历平氏政权、镰仓幕府、室町幕府、丰臣政权、江户幕府，天皇无权这一凄惨的状况一直持续了1000年左右。直到19世纪江户幕府灭亡，政权才被奉还于天皇。
在藤原氏掌握大权之后，天皇始终无法将权力真正掌握在自己手里。除了藤原氏、平氏跟丰臣氏三个时期是关白摄政外，其余时期的权力都是掌握在幕府将军手里。在皇权旁落后的历代天皇中，也有那么一些既不甘心做外戚或幕府政权的傀儡，并且也有一定实力的天皇，为将大权夺还而努力。后醍醐天皇即是其中最有代表性的人物。
这里要往前说到“后嵯峨天皇”死后，他的两个儿子即“后深草天皇”跟“龟山天皇”相继即位。从那时开始，天皇开始分为两个皇统——即后深草一系的持明院统，跟龟山一系的大觉寺统。
这两派围绕皇位继承问题展开了激烈的争斗。面对这种情况，对皇位继承拥有决定权的镰仓幕府采取不偏不倚的政策，制定了两统交替即位的“两统迭立”方案。
按照这一方案，1318年，大觉寺统的后醍醐天皇即位，之后立即重用勤王派的大臣，与镰仓幕府展开斗争。各地勤王军纷纷举起讨幕大旗。后来，由投靠后醍醐天皇的幕府武将“足利尊氏”给予镰仓幕府致命一击。1333年5月，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇将政权握在自己手中，并取我国汉光武帝刘秀消灭王莽、复兴汉室之意，改年号为“建武”，这就是日本历史上的“建武中兴”。
后醍醐天皇连累了大觉寺统的皇族们
然而，由于“建武”新政权对广大武士阶层采取防范政策，引起各地武士的不满和失望。1335年7月，足利尊氏奏请天皇封他为征夷大将军，未获，愤然离京。次年5月，足利军在凑川大败朝廷的新田义贞军和楠木正成军，攻入京都。8月，足利尊氏拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。12月，后醍醐天皇逃入吉野山，并在此再次即位，称为“南朝”，并称京都方面的北朝为“伪朝”。日本进入长达50多年的南北朝时代。
在南北朝时代，虽然北朝的持明院统居住在京都，然而，象征天皇神权的“三神器”——八咫镜、坂琼曲玉和草剃剑却在南朝大觉寺统手里。因此，虽然幕府拥立北朝，但是北朝却并不能算是“正统”。1392年，在将军足利义满（就是《聪明的一休》里面的那个将军）的调停下，南朝的后龟山天皇将“三神器”交予北朝的后小松天皇，自己进入京都大觉寺当了上皇。
足利义满并没有兑现自己的诺言，即并没有实行“两统迭立”的方案。虽然大觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。
3个幕府时期，天皇被架空了682年之久
自镰仓幕府建立以来（1192-1333），日本历史上共经历了镰仓幕府、室町幕府、德川幕府3个幕府历史时期，天皇权力被架空了682年之久，而使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府——江户时代德川幕府。
1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府剥夺。
侵华的裕仁天皇在位63年，毁大于誉
1853年，随着佩里舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的蜂起、孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书，之后迁都江户（东京）。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。
裕仁天皇（昭和）在位时期（1926-1989），发动了侵略中国和亚太其他国家的战争。日本战败后，在美国的主持下建立议会民主制，仅允许天皇作为象征性的国家元首保留下来。现代日本天皇的主要职责是任命首相，批准法律，召集国会，批准国务大臣的任免，出席礼仪性的外事活动和国家典礼等。
1989年1月7日清晨，昭和天皇去世（他任期的前半段伴随着战争的阴影，后半段构建了日本繁荣的基础）。同日，皇太子明仁继位，改年号“平成”，是为明仁天皇，今年83岁。其妻子正田美智子来自平民家庭。日本女子出嫁后改为夫家姓氏，只有嫁给皇室保留娘家姓。
日本皇室采用“宫号（尊称）+名字”的方式。比如皇太子的女儿被称为”敬宫爱子内亲王”，敬宫是宫号，爱子是名字，内亲王（公主）是爵位。他的父亲叫“浩宫德仁”，浩宫是宫号，德仁是名字。现任天皇名字是“继宫明仁”，继宫是宫号，明仁是名字。天皇没有姓氏（历史上皇室后代降为臣籍后，才赐姓“源”、“平”、“橘”等），没有户籍，也没有投票权。
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