2016年1月1日起，上海将启用城乡居民统一的基本医疗保险制度，无论城镇户籍还是农村户籍，上海市民将都可以参加城乡居民基本医疗保险。
这项制度针对未参加上海职工医保等其他基本医疗保险的上海市民，对城乡户籍居民实现了对象范围、筹资标准、待遇水平、经办服务的“四个统一”。
其中，在筹资标准方面，上海提高了对城乡居民医保的总体筹资标准，特别是加大了对农村居民的补助水平，从原来的人均筹资不足2000元提高到3000元以上，与城镇居民保持一致。同时，统一了城镇居民和农村居民的个人缴费标准。为确保农村居民应保尽保，各区县政府及村集体经济将对农村居民个人缴费给予适当补贴。对城乡居民中的“低保”对象、重残人员以及高龄老人，政府相关部门也对他们的个人缴费部分给予统一的补助。
城乡居民医保待遇也将进一步提高。尤其是农村居民，原来的新农合中住院费用一旦超过12万元，就不能再结算医药费，新的统一医保政策取消了这一支付上限。其次，农村居民各级医院的住院支付比例有所提高，特别是三级医院的医保支付比例比原来提高10%-20%。对城乡居民个人负担较重的重症尿毒症透析治疗、肾移植抗排异治疗、恶性肿瘤放化疗、部分精神病治疗等4类疾病，可由大病保险资金按规定再报销50%。
通过这些调整，与原来相比，农村居民与城镇居民政策范围内住院费用的实际报销水平都超过了75%。
门诊方面，农村居民取消了原5000元的封顶线，不设最高支付限额，城镇居民一二级医院的医保支付比例提高了5%，19～59岁城镇居民的门诊医保起付标准从原来的1000元下调到500元。超过起付标准的部分，由城乡居民医保基金按照下列比例支付：在社区卫生服务中心（或者一级医疗机构）门诊急诊的，支付70%；在二级医疗机构门诊急诊的，支付60%；在三级医疗机构门诊急诊的，支付50%。同时规定，城乡居民在村卫生室就医，不再设起付线，医保直接按80%的比例支付。
与目前相比，无论是城镇居民还是农村居民，门诊费用负担均有所减轻。
我国居民基本医保包括城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新农合三项制度，其中，打破户籍差别的城市居民和新农合“两保”并轨，是2013年十八届三中全会提出的民生保障改革重点工作之一。
截至目前，除上海外，已有天津、青海、山东、重庆、广东、宁夏、浙江等七个省份完成了“两保”并轨，建立起统一的、城乡一体的居民基本医疗保险制度，此外，新疆建设兵团也实行统一的居民医疗保险制度。
全国人大财经委提出，要在2015年11月前完成研究制订整合城乡居民基本医疗保险管理体制改革和试点实施意见的工作。
不过，过去两年中，“两保”并轨的进展依然比较缓慢。中央财经大学社会保障系主任褚福灵在接受《经济参考报》采访时指出，当前基本医疗保障制度间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，存在着重复建设、信息不兼容的问题，管理层面也存在协调上的困难。
目前，城镇居民基本医疗保险由人社部经办，新农合则由卫计委经办，医保管理体制相对分割。此外，城镇化过程中出现重复参保、待遇重复享受、多头报销等现象也依然存在。
