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新型冠状病毒的来源仍然是目前科学家探索的重要方向。
2月17日，病毒进化学家美国斯克里普研究院Kristian G. Andersen副教授及被誉为“病毒猎手”的哥伦比亚大学公共卫生学院感染与免疫中心主任W. Ian Lipkin等五人在病毒学论坛Virological共同发表文章称，根据对冠状病毒的基因组数据分析，排除了新冠病毒由人为构建或散布的可能性。
1月31日，印度理工学院有学者在BioRxiv预印本平台上发表文章称，新型冠状病毒是人类实验室的产物。该说法后愈演愈烈，甚至有传闻称，新冠病毒是从武汉病毒所试验室所泄漏。此前，武汉病毒研究所石正丽曾在朋友圈回应，其用生命担保，该病毒与实验室没有关系。而上述印度理工学院的作者也公开表示，为避免造成误解，将撤回稿件。
Kristian G. Andersen等五位科学家从结构性和功能性两个角度详细分析了SARS-CoV-2基因组中的两个疑似人为干预的特征，反驳了此前关于新型冠状病毒的“人工合成”阴谋论，认为SARS-CoV-2病毒是自然进化的产物，而非实验室制造。
该篇论文表示，同其他冠状病毒相比，新冠病毒的刺突蛋白（S蛋白）与人体ACE2（血管紧张素转化酶2）的受体结合能力特别强。冠状病毒通过S蛋白与宿主的受体结合，从而感染宿主细胞。
可以将S蛋白理解成是它们进入细胞的“钥匙”，而宿主细胞表面的受体就相当于“锁”。当”钥匙“遇到对应的”锁“时，病毒便可进入细胞。
SARS病毒的S蛋白也是与人体ACE2相互作用结合来感染人的呼吸道上皮细胞的。但是五位学者的文章表示，根据此前的研究，SARS病毒的S蛋白基因序列的L472位置的突变为苯丙氨酸，是可以帮助SARS病毒S蛋白与人体ACE2受体结合的最佳条件。
而新冠病毒的S蛋白基因序列出现苯丙氨酸的位置并非是最佳条件的L472，而是L486，这显示了该病毒并非来自于此前的最佳预测，可以说明新冠病毒并非是基因工程的产物。
此前阴谋论中常用的一个证据是，在新冠病毒的S蛋白中，存在可疑的酶切位点。南开大学生命科学院副教授高山接受科技日报采访时解释道，酶切位点通常被看作是人工基因工程的痕迹，但是病毒的自然进化中，也可以存在酶切位点。
五位科学家在文章中也讨论了通过实验室培养该病毒的可能性。由于新冠病毒S蛋白存在酶切位点，导致酶切位点周围存在3个O-聚糖结构，而作者表示这一结构通常意味着免疫系统的参与，在体外是不存在的。
2月19日，医学期刊《柳叶刀》发文，强烈谴责了病毒非自然起源的阴谋论，全球27位病毒学家、流行病学家签署了该项声明，并表示将同中国医疗工作者共同抗击疫情。
