在新三板个人股权转让征税问题明晰后，市场过往原始股交易是否需要补缴税款又引来争议。
12月7日，财政部、税务总局、证监会三部委联合发布《关于个人转让全国中小企业股份转让系统挂牌公司股票有关个人所得税政策的通知》（财税〔2018〕137号，下文称137号文），将长期困扰新三板的个人股权转让税收问题进行了明晰。
根据137号文，对个人转让新三板挂牌公司非原始股取得的所得，将暂免征收个人所得税。
非原始股是指个人在新三板挂牌公司挂牌后取得的股票，以及由上述股票孳生的送、转股。安信证券新三板研究负责人诸海滨认为，文件的下发有助于实现征税的统一管理，明确市场分歧。同时，将新三板从“股权”市场的定位提高至上市公司“股票”市场定位，进一步明确新三板交易场所的地位。但一波虽已平，一波却再起。
137号文明确在免征新三板非原始股所得税的同时，也将市场个人股权分割为了原始股和非原始股两类。并对个人转让新三板挂牌公司原始股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。
这一内容又再次引来新三板缴税争议。首先，137号文规定：2019年9月1日之前，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，征收管理办法按照现行股权转让所得有关规定执行，以股票受让方为扣缴义务人，由被投资企业所在地税务机关负责征收管理。
自2019年9月1日（含）起，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，以股票托管的证券机构为扣缴义务人，由股票托管的证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。
北京南北天地科技股份有限公司(430066)董秘崔彦军向界面新闻表示，“以股票受让方为扣缴义务人”，由于扣缴义务人的受让方只取得股票，难以扣缴卖方的税款。尤其是大多不知道交易对手是谁，可能无法联系卖方，所以实际操作有难度。
“那么，在2019年9月1日前，必然进一步限制了新三板交易的活跃度，因为谁还敢买，买了股票还得去寻找卖方去要税钱。否则就是没有尽到扣缴义务。”崔彦军称。
“这也是我对新规不理解的地方”，北京地区一新三板投资者表示，目前原始股转让可以通过二级市场竞价、盘后大宗交易及非交易过户。其中非交易过户约束门槛太多，不具有普适性，通过二级市场竞价交易原始股“无法证明交易的就是原始股，也许莫名就交了税”。
不过好在明年9月1日后，就可以交由股票托管的证券机构进行系统扣税。
“在二级市场肯定不知道是原始股还是非原始股，不过这一制度整体影响不会很大，一般原始股交易量会比较大，更多从盘后大宗的形式，可以锚定交易对手方。”联讯证券研究院新三板首席分析师彭海表示。
彭海解释称，之所以设定了9月1日的过渡期，是因为个人所得税法第八条规定，个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。对于股权转让来说，即以受让人为扣缴义务人，新规沿用了这一内容。加之9月1号是财政部设定的时间点，很多新税收执行都是从9月1日开始的，缴税系统导致了这一时间点的确定。
而另一个争论点则在于此次规定的原始股转让20%个人所得税是否要溯及既往，是否要因过去的原始股交易补缴税款和滞纳金。
昨日国常会上提出的创投税内容中就写明“不溯及既往”，137号文中却没有相关规定。
“未来交由股票托管机构来待收税，以往的交易也都在系统上登记得很清楚，但我对自己买到的股票是否是原始股不明晰。也许以往在二级市场竞价交易了原始股却不自知，不仅要补缴滞纳金，还会被扣上偷税漏税的帽子”，上述新三板投资人表示困惑。
就此问题，界面新闻记者也与北京税务局进行了沟通，对方表示，转让原始股之前也需交个人所得税，之前如果没有申报就要缴纳滞纳金。
税务局相关人员表示，根据2014年发布的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》内容：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
对此，投资人也有异议，认为《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》同样写明：“个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票，转让限售股，以及其他有特别规定的股权转让，不适用本办法。”
“新三板应可以参照A股市场规则，新规也应明确以往缴税义务不明确时的部分”。上述投资人表示。
