3月19日，十三届全国人大一次会议投票表决，决定马晓伟为国家卫生健康委员会主任。随后，国家主席习近平签署主席令，任命59岁的马晓伟为国家卫生健康委员会主任。
他即将面对的是一个新成立的部门。在整合了原来多个行政部门的健康职能后，新成立的国家卫生健康委的主要职责是拟订国民健康政策，协调推进深化医药卫生体制改革，组织制定国家基本药物制度，监督管理公共卫生、医疗服务、卫生应急，负责计划生育管理和服务工作，拟订应对人口老龄化、医养结合政策措施等。
与原国家卫计委主任李斌不同，“老将”马晓伟是医疗卫生领域科班出身。他35岁出任三甲医院院长，在国家医卫部门任职18年，有着多年医疗、医政管理经历。在国家卫计委任职期间，作为副主任的马晓伟，主要分管规划与信息、基层卫生、妇幼卫生和计划生育技术服务等方面工作。
在任命消息传出后，外界希望通过马晓伟过往的履历和发言发掘更多卫生领域的工作思路和改革信号。
早在上世纪90年代，马晓伟就曾被称为“改革大医院的探索者”。1994年，马晓伟出任中国医科大学附属第一医院院长，这所医院位于辽宁沈阳，是当时东北地区规模最大的医院。时年35岁的马晓伟在这家医院发起“以病人为中心”、探索现代大医院新模式的系列改革，也因此，他被当时的医疗卫生界称为“第一个吃螃蟹的人”。
1997年的《瞭望》新闻周刊报道称，马晓伟做出的改革决断是凭借早年积累的丰富经验而来。他是“文革”后第一批考入中国医科大学的医疗系毕业生，当过卫生部部长的秘书，又回到沈阳，从第一线做起。随后，马晓伟出任中国医科大学附属第一医院副院长，院长。这期间，他曾参与北京大医院早期改革的调研，随同出国考察过欧美国家商业化或高福利的大医院模式。
根据早年的报道，当时大医院的日子“并不好过”。马晓伟外出参加会议时发现，院长们坐在一起没有别的话，都在喊困难。在一篇专访中，马晓伟曾深入分析了当时大医院所深陷的“怪圈”。在当年，计划经济体制体制曾实行的是国家全包的医疗政策，然而，市场经济体制下，国家对医院的投入有限，医疗服务价格无法完全放开，人们曾就大医院如何摆脱困局进行过讨论，一些人希望通过举办“三产”以副业养主业，另一些人则认为还是依靠财政拨款。
然而，马晓伟选择了另一条路径 —— 改革。做出改革判断之前，他花了4个月进行调研。时隔多年后，外界会发现，作为国家卫计委副主任的马晓伟所关注的医改关键词，早在当年那场改革中就埋下了伏笔。
根据公开资料，年轻的马晓伟对于大医院在国家卫生服务体系的功能定位有着深刻的了解，他所推出的改革措施也多源于此。20年前，马晓伟在接受采访时指出：“我国有序的医疗市场尚未形成，以往按各级各类医院就诊、转诊的方式被打破，农村、城市的患者，小病大病都涌向了城市。” 他指出，这样的就医模式带来了诸多负面效应：“大医院忙，小医院闲，引发了不少不正当竞争，不少中小医院为了生存，做检查、开药方、介绍病人就给提成，于是滥检查、大处方、滥收费都出现了。大医院不愁病人，待也出现了’红包’、服务态度等问题。受害的最终还是患者。”
在当时，马晓伟就曾勾勒出一幅医疗就诊的理想流程图：城市大医院势必要以疑难重症病人为主要医疗服务对象，一般性疾病或疑难重症恢复期病人则应到中、小型医院就医治疗，农村基层卫生院应解决患者就近就医的一般性诊治问题。这仍是当前新医改所描绘的目标图景。
为推行病人分流，强化大医院的功能定位，身为院长的马晓伟做出了一个当时出人意表的举动，主动要求医大一院不再与任何企事业单位建立医疗合同关系，牺牲原有的一大块“旱涝保收”的病源收入，以换取最大限度收治重症病人。
马晓伟提出了“以病人为中心”的改革口号，在他的推动下，医院的挂号室取消，病人前往候诊室挂号，候诊区从原来的200平米扩至1000多平米，实现了开放式候诊；引入计算机，实现全院信息化管理；儿童门诊不再是令孩子们惊惧的“白大褂”，而是穿着粉色衣服的工作人员，这里还为孩子们播放着动画片；全国首创24小时办理收住院手续。
这一次改革还有两个当时令人称道的举措：缩短住院周期和推行专家门诊，这在当年都是难啃的硬骨头。
尤其是前者，为了缩短平均住院日，马晓伟要求手术室、化验室等各个科室高度配合，增加手术数量，提高手术效率，要求检查室当天出检查结果，特殊检查结果次日出。在这样的改革下，医大一院的平均住院天数从31.5天缩短至11.5天，医院周转随之加快。另一项改革中，医院行政办公室被改造成专家门诊，全院270名教授和副教授要求大轮换，半年在门诊、半年在病房，每天保证至少75名教授出诊，诊察水平和首诊确诊率也随之提高。
马晓伟的改革在全国范围内引起了极大反响，当时的国务委员彭佩云曾批示：中国医大一院的改革经验可以向全国医院推荐“，一时间，数百名公立医院负责人前往考察。事实上，1995年，在马晓伟上任的第二年，当他第一次在卫生部的会议上向各大医院院长讲述自己的改革思路时，几乎一半的人起身与他辩论，彼时的他还被认为是“痴人说梦”。
在马晓伟出任医大一院院长的第5个月，医大一院被指定为首批三级特等医院的试点单位。1996年，医大一院交出的成绩单令来访者们惊叹。其年收治病人高达2.23万人次，比1994年翻了一番；全院年收入相当于此前的两年收入；病人的平均医疗费用比前一年减少19%，药品收入在医院总收入的比例从52.6%下降到46%。来访者们也发现，医大一院并没有开办副业，也没有出租房地产，在评选为三级特等医院后，卫生部也没有额外的财政投入。
根据早年的报道，在20年前的那场改革中，马晓伟被医院同事评价为“主意正，办法多，有说服、感染力强”。“他作动员讲话会场里能使上千职工屏息，”《瞭望》新闻周刊的报道曾作出这样的描述。
此后十数年，当马晓伟再次出现在新闻报道中时，他已是国家卫生行政部门的领导成员。2001年以来，他先后担任原国家卫生部副部长、国家卫计委副主任，分管规划与信息、基层卫生、妇幼卫生和计划生育技术服务等方面工作。
延续了当年的改革思路，分级诊疗依然是马晓伟重点关注的内容，他多次在介绍医改进程和医改思路的场合现身，在他的公开发言中，“分级诊疗”是出现频率最高的词汇。
马晓伟不只一次表示，要推动医疗资源下沉，首先要加强基层医疗能力，加强基层医疗卫生机构服务能力建设，提高常见病、多发病和慢性病的诊治、康复服务能力。他还特别提出，要进一步拓展中心乡镇卫生院的功能，提升急诊抢救、二级以下常规手术、正常分娩、高危孕产妇筛查、儿科等医疗服务能力。
这与新医改推行以来“强基层”的思路颇为吻合。近年来，中国力推家庭医生和医联体建设，旨在借此将优质医疗资源下沉基层。2018年，政府工作报告再次提出，希望通过培养全科医生队伍，推动分级诊疗制度建设。可以想见，在卫健委组建之后，分级诊疗和强基层的相关政策将会持续推进。
作为较早引入信息化的医院管理者，马晓伟在任职国家卫计委副主任期间，规划与信息司也是其分管领域。在多个场合，他也都提到“互联网+医疗”对推行分级诊疗，改善医疗服务的重要性。2018年，国家卫计委在进一步改善医疗服务行动计划中提及，要充分发挥信息化手段，建立预约诊疗制度、远程医疗会诊制度、临床路径管理制度、检查检验结果互认制度。
在医改推进过程中，医务人员人事薪酬制度改革一直是一项重要命题。在1994年的医大一院的改革中，在提及医院管理滞后，工作效率不高等问题时，马晓伟认为，问题不在于医院职工，而在于医院要建立有责任、有激励、有约束、有竞争、有活力的运行机制，激发职工的积极性和创造性。
时隔20多年，在提到如何建立中国特色的公立医院制度时，马晓伟也不曾忽视医务人员的重要性，他一再强调，调动医务人员积极性是改革的一项重点内容。2011年9月，在一场专题报告中，马晓伟称，我国近30年的改革开放，积累了大量资金，但是主要用于医院的扩建和发展上。“在未来不长的时间内，我国医院的分配结构会有一个比较大的变化，40%-50%用于职工分配。这才是国际上医院的正常的分配结构。” 马晓伟称，下一步的分配方向，是要突破工资总额，扩大分配，摆脱在计划经济条件下的分配模式，在工资总额和人员编制上有所突破。
“要使医院更活一些，医生待遇更高一点，医院的发展更快一点，这个快，不是医院能盖大楼、增加床位，而是提高效益、提高水平，提高医生待遇。”
