2018年3月13日，国务院机构改革方案提请十三届全国人大一次会议审议。根据该方案，国务院将组建自然资源部。
方案提出，将国土资源部的职责，国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责，住房和城乡建设部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，国家海洋局的职责，国家测绘地理信息局的职责整合，组建自然资源部，作为国务院组成部门。自然资源部对外保留国家海洋局牌子。
国务委员王勇作关于国务院机构改革方案的说明时表示，自然资源部的主要职责是对自然资源开放利用和保护进行监管，建立空间规划体系并监督实施，履行全民所有各类自然资源资产所有者职责，统一调查和确权登记，建立自然资源有偿使用制度，负责测绘和地质勘查行业管理等。
界面新闻注意到，对我国自然资源进行相对集中管理的呼吁早已有之。早在2013年12月19日，国土资源部总工程师钟自然与相关课题小组一行到国土部咨询研究中心就自然资源管理制度改革总体思路框架等问题召开座谈会，会上，专家们指出，主要自然资源大国对自然资源实行综合化管理，资源相对集中统一管理是必然趋势。
2015年全国两会上，原全国政协委员、西北农林科技大学研究生院副院长唐明也曾建议建立统一的自然资源管理机构，统一行使全民所有资源资产所有者职责和国土空间用途管制职责。
据国土部网站资料显示，唐明当时在提案中说，目前我国自然资源管理存在诸多问题：
一是“九龙治水”。涉及国土空间管理和资源用途管制的部门多达10余家，容易破坏生态环境本身的系统性，造成资源利用的浪费。
二是行政监管与产权管理关系有待理顺。土地、水、森林等资源中属于集体所有的部分占大多数，且并未与行政监管部门建立委托行使关系，行政监管部门集“裁判员”、“运动员”于一身，对产权权益人合法权益造成损害，也导致了自然资源的配置效率不高等问题。
三是“各扫门前雪”，治理缺乏全局性。四是职能交叉问题处处存在。如对未开发利用土地，国土资源、农业、林业三家以不同形式管理，国土部门按未利用地在用途上可作为耕地开垦的后备资源，林业上将其作为宜林地，农业部门则将其作为其他荒草地。
对此，中国人民大学环境学院曾贤刚教授也对界面新闻表示，“成立自然资源部，将多个部门的职能整合在一起，其目的就是一个事情由一个部门来管理。”
“如水的问题就涉及了9个部门，过去号称‘九龙治水’，相互协调就很难。而由一个部门来管理，协调起来就比较顺畅，责任也比较明确。”曾贤刚说，一个事情由一个部门来管理，也能体现出国家机构改革更强调国家治理的现代化和以人民为中心的精神。
“这么多年，走出这一步，也是很科学的”，上海交通大学凯原法学院副教授赵绘宇说，组建自然资源部一定程度上也打破了部门壁垒。她说，过去存在着把自然资源割裂开来的问题，“例如国土资源包括了国土、林业、矿产、水利等等，相当于把资源分割成了不同的资源要素，通俗地来讲，这些自然要素就是‘金山银山、青山绿水’，把山山水水分割成了草原、森林、水等等，就割裂了生态系统。”
“但是自然资源是分不开的，现在的改革方向就是把能整合的都整合起来，”赵绘宇说，“改革的意义主要在于权属更大范围的整合，把资源权属进行整合，回归到生态系统的本身形态。
