身为首位来自拉丁美洲的罗马天主教教皇，方济各从1月16日开始对智利的访问却遭遇到了前所未见的反对声：智利全国有九座天主教堂遭到燃烧弹攻击；方济各本人在一座公园参加弥撒时被抗议者扔的报纸打中头部。
而这一切不满主要来自智利天主教堂曝出的一系列神职人员性侵儿童事件和包庇丑闻。对此，方济各在周二的讲话中为神职人员的行为作出道歉，恳求得到民众的原谅。
据《华盛顿邮报》报道，方济各在智利首都圣地亚哥发表讲话时称他对儿童遭到性侵的事件感到“痛苦和耻辱”，“我们希望能得到你们的原谅，我们将尽全力帮助受害者，同时承诺确保今后不会再有类似事件发生”。
然而就在方济各讲话的当天，共有三所天主教堂遭到燃烧弹攻击，攻击并未造成人员伤亡。从上周五开始，抗议者就开始向教堂投掷燃烧弹，部分教堂的外墙上还留下了威胁要杀死教皇的标语。
在方济各到访前，拉丁美洲的一项民调显示，从0到10分，智利民众只给方济各打了5.3分，是历任教皇中最低，也是方济各在拉丁美洲国家内获得的最低评分。
抗议者们指责丑闻缠身的智利教堂花费1700万美元用于接待方济各，而“国内民众都生活在贫困中”。智利天主教堂被曝出的最大丑闻发生在2011年，当地曾经最有声望的神父之一卡拉迪马（Fernando Karadima）因性侵儿童长达数十年，被梵蒂冈判处终身忏悔。
对于方济各本人，抗议者最不满的是这位教皇在2015年委任了卡拉迪马的学生巴罗斯（Juan Barros）担任智利南部奥索尔诺教区的主教。
根据智利NGO“主教的责任”组织的统计，自2000年来，该国至少有近80名天主教神职人员被控对儿童实施性侵，其中影响最大的就是卡拉迪马丑闻。
被称作“活圣人”的卡拉迪马一度是智利最受尊敬、最有影响力的神父之一，也曾经是圣地亚哥精英阶层年轻人的精神领袖。在被处罚之前，卡拉迪马培养出了50多名神父和五位主教。
但据“主教的责任”记录，从2003年开始就有受害者因为卡拉迪马的性侵行为向他的上级、圣地亚哥大主教投诉，但并没有得到回应。2004年，另一名受害者对卡拉迪马提出投诉，红衣主教随后开启了调查，但调查却被暂停了三年。
2011年在接受调查时，卡拉迪马称当时圣地亚哥的大主教为他进行了遮掩。原本有作家准备出版一本书指控卡拉迪马有恋童癖，为了阻止该书的出版，圣地亚哥大主教花了约100万美元摆平此事。
直到2010年，四名男性受害者首次以真名接受媒体采访，才向外界曝光了卡拉迪马性侵儿童的丑闻。其中一名时年44岁的受害者被卡拉迪马性侵长达20年之久。
后来成为医生的汉密尔顿（James Hamilton）称他在未成年时就成了卡拉迪马的受害者，这种情况甚至持续到了他结婚生子之后。而当时他的妻子还是卡拉迪马的支持者，经常向卡拉迪马告解。
同年，智利司法部门对卡拉迪马进行了刑事调查，但最终因证据不足取消。2011年1月，梵蒂冈的内部调查认定卡拉迪马的性侵罪名成立。
2015年，当方济各任命卡拉迪马的学生巴罗斯担任奥索尔诺教区主教时引发了天主教徒和政客的大规模抗议。三名受害者还发表了一封公开信，指责巴罗斯明明知道卡拉迪马的性侵行为却不予阻止，甚至“在场旁观”。
巴罗斯随后否认了公开信中的说法，然而要求他辞去主教一职的声音并未就此停止。根据圣地亚哥广播电台的民调，90%的智利人希望方济各去慰问卡拉迪马事件的受害者并对卡拉迪马发表公开谴责。
根据民调机构Latinobarómetro的调查，由于神职人员丑闻缠身，近几年来，天主教在拉丁美洲流失了数百万名信徒，其中智利最多。
从1995年到2017年，认为自己是天主教徒的智利人从74%大跌至45%。教徒代表克拉雷特（Juan Carlos Claret）认为，“大家在离开教堂是因为他们在这找不到被保护的感觉”。
对于方济各做出的道歉，一名受害者称仅仅感到“耻辱”是不够的，“如果有必要，教皇应该把每个掩盖性侵真相的主教都解职，如果他不这么做，他所说的痛苦和耻辱是不可信的”。
去年，负责调查美国天主教堂性侵事件的神父道尔（Thomas Doyle）指出，天主教神职人员接受的严格训练和独居生活让一些人无法从情感、性别和心理上成熟起来，就像“接受过高等教育的14岁青年”。
道尔说，为数不多的、试图站在受害者一边的神父都遭到了孤立或者惩罚，“因为他们向外界公开了这个体制不愿意让人知道的问题”。
他认为，天主教堂之所以对此类问题采取回避态度，其中一个原因是“教堂不愿意真正去理解受害者、受害者家人遭受精神打击的严重程度”。
