国泰君安认为，本轮银行监管对三大金融市场的冲击按严重程度排序是：债券市场＞信用市场＞股票市场。据测算，债券市场涉嫌问题资金总量估计不超过3万亿元，而股市受影响资金约500亿元-1000亿元，且会有时间缓冲，实质影响甚微，市场或已过度反应。
近期，银监会集中发布一系列监管文件，比如46号文（全称《关于开展银行业“监管套利、空转套利、关联套利”专项治理的通知》），涉及商业银行经营与管理的各个方面，引起市场高度关注。国泰君安周一发布的研究报告指出，银监会监管路径大致分为“自查-银监现场检查-整改”三个阶段。文件核心在于严查各种违规行为。
报告称，按严重程度排序，银行受监管影响较大的业务依次为，理财业务、同业业务和信贷业务。三者均会影响到债券市场，其次是信用市场，但对股票市场的直接影响较小。虽然尚无法判断银行表内外非标中有多少属于违规业务，但由于总量（约15万亿元）较高，对信用市场影响也不可小视。
相较之下，股票市场受影响相对较小。报告称，信贷资金违规入市是长期重点监管对象，总量较小。同业业务为股市配资极少。因此，主要影响股市的是理财业务。经国泰君安调研了解，预计银行理财资金入市总规模在5000亿元左右。而其中，有监管问题金额估计在数百亿元体量。
报告预计，监管不会对信用市场和债券市场进行“一刀切”式清理，料将以新老划断的方式，逐步整改。一方面，同业非标总额较高，且大多资金投向实体；另一方面，债券市场流动性较差，也无法承受“一刀切”式的清理。不过，毫无疑问的是，随着很多不合规的业务到期无法续做，使企业资金链断裂，难免会暴露一些信用风险。
“对债券市场的影响，依然取决于SPV等业务。”报告称。SPV投资即委外投资，主要是指理财产品再去买其他资产管理产品。借助这些工具，理财投资可以实现进一步加杠杆或加久期，或者协助其他业务实现监管套利，资金空转也可利用这些通道，因此是监管隐患较大的业务种类。而其底层投向，绝大部分是债券，及少量权益。
报告指出，“银行自营或理财资金直接投资于债券的，监管问题较小，大多问题还是发生在通过SPV等委外投资的情况下。同业SPV投资中，少量为债券，约5万亿元以下。理财余额中，约10%为委外，也就是3万亿元左右。按此估计，债券投资达到8万亿元。不过，其中涉嫌多层嵌套、过度杠杆等问题的总量，估计不会超过3万亿元。”
对信用市场的影响主要取决于信贷业务、同业非标、理财非标的监管。其中，非标的监管隐患大于信贷。
由于同业自营非标并没有精确统计，报告首先从M2总量出发，通过逐步扣减其他M2派生渠道，得出2016年末同业投资余额约为16万亿元。然后假设大部分投向非标，即超过10万亿元。再考虑到理财非标余额为4.93万亿元（2017年3月末），则全部表内外非标总额在15万亿元以上。“目前尚无法判断这15万亿元非标中有多少属于违规业务，但即使只有10%，那总量也不少了，因此影响不可小视。”
