2017年4月12日，环保部向重庆市委、市政府反馈督察情况时指出，98家规模以上化工企业沿长江布局，62家危化品生产企业未进入工业园区，存在一定的环境风险。
2016年11月24日至12月24日，中央第五环境保护督察组对重庆市开展了环境保护督察。截至2017年2月底，重庆市对于督察组交办的1824件环境问题举报均已办结，其中责令整改1427家，处罚467家，拘留16人，行政问责2个单位和40人，约谈64人。
督察指出，重庆市发展与保护矛盾突出，生态环境保护具有长期性、复杂性和艰巨性。与中央要求和群众期盼相比，与其特殊地位相比，全市环境保护工作仍存在一定差距。
98家规模以上化工企业沿长江布局
督察指出，重庆市在水环境保护方面存在重干流轻支流、重城市轻农村、重岸上轻水上等问题。
督察发现，重庆部分港口码头船舶污染防治设施不到位，污水直接排入长江。全市有24个工业园区位于长江、嘉陵江和乌江沿岸，其中长寿、万州和涪陵等3个重点化工园区部分企业位于沿江1公里范围内，98家规模以上化工企业沿长江布局，62家危化品生产企业未进入工业园区，存在一定的环境风险。
部分工矿企业渣场存在环境安全隐患，秀山县18家电解锰企业锰渣场均无防渗系统，重庆龙璋纸业有限公司龙泉分公司白泥渣场渗漏液未经处理直排小安溪河。
督察指出，2016年全市15.8%的监测断面未达到水域功能要求。列入《重点流域水污染防治规划（2011-2015年）》的54座城市污水处理厂中有39座未按期建成，22个远郊区（县）没有建设污水处理污泥无害化处置设施。全市危险废物处置能力存在约2万吨/年的缺口，部分企业存在危废积压情况。尚有11个区（县）医疗废物集中无害化处置未实现镇级全覆盖。
全市2008年以前建设的46个垃圾填埋场未按国家规定建成投用渗滤液处理设施。目前垃圾渗滤液只能由城市污水处理厂违规处理。现场抽查发现，丰都县北岸污水处理厂因处理垃圾渗滤液导致生化系统不稳定，运行情况不佳，出水时有超标，仅2016年3月就有6万吨污水超标排放。
长寿区61个部门有57个环保工作实绩得分相同
重庆市虽然建立相对完善的环境保护工作责任体系和落实机制，但考核执行不够到位、责任追究力度不足，环境保护压力存在逐级衰减现象，部分地区和部门环境保护责任落实不到位。
2015年度综合考核中，环境保护五大行动达标率、主要污染物削减达标率考核结果出现31个区县得分几近相同情况，难以体现工作差距。
2013年以来，全市没有因为环保绩效考核差而对党政领导干部采取组织处理的情况，下沉督察的8个区（县），7个未将环保考核结果作为干部选拔任用的依据。
部分地区和部门环境保护工作不到位。南川区在2015年度综合考核中，环保实绩排名在城市发展新区倒数第一。但区委、区政府仍未引起足够重视，既没有就落实情况开展检查，也未对有关部门和乡镇进行督办。
长寿区环保目标考核流于形式，在2015年年度考核中，61个区级部门有57个环保工作实绩得分相同，使得考核工作没有发挥应有作用。区政府在未经环评情况下违规审批长寿经济技术开发区晏家组团和八颗组团控制性详规；全区禁养区内54家畜禽养殖场未按计划于2016年底前关闭搬迁，列为重点污染源的217家养殖场环评和环保“三同时”执行率低。
市城乡建设委员会没有依据职责对城镇污水管网建设进行安排部署和监督考核，导致“十二五”期间全市污水管网建设整体滞后。
市农业委员会畜禽养殖污染治理工作不够有力，全市近10万家养殖场（户）中大部分未纳入整治计划，560多家规模化养殖场中1/3污染治理设施不配套，每年有约2800万吨畜禽粪尿没有得到综合处理。
饮用水水源一级保护区未采取隔离措施
督察指出，重庆市有16个集中式饮用水水源一级保护区未采取隔离措施，12个饮用水水源保护区内存在码头等与供水设施和保护水源无关的项目。
督察指出，截至2015年，重庆市矿山占地面积132.2平方公里，其中历史遗留矿山占地约110平方公里，但矿山复垦率仅4.6%。国家下达的三峡后续规划575个生态环保项目中，有131个尚未完成。其中，中央投资8个湿地保护工程共计6960万元，但地方配套投资4123万元中，仅到位100万元。
全市7个国家级自然保护区中，只有2个管理机构纳入省级管理和预算。51个地方级自然保护区总体规划均未获主管部门审批，其中8个保护区在“十二五”期间通过调规减少面积6300公顷。重庆市畜牧科学院2008年8月起在金佛山国家级自然保护区缓冲区建设南川分院，目前已建成实验办公楼、宿舍楼、牛羊舍、沼气工程、中华蜂博览园等人工设施，占地面积1.98万平方米，未办理林业、国土、环保等审批手续。
