4月12日，中央第一环保督察组向北京反馈督察情况时表示，部分基层领导对主观原因和自身工作问题认识不足，“谈及大气污染就强调区域外来输入，谈到水污染就强调水资源不足。”
2016年11月29日至12月29日，中央第一环保督察组对北京市开展了环境保护督察。据介绍，截至2017年2月底，北京市对于督察组交办的2346件环境问题举报已全部办结，责令整改1220家，立案处罚188家，拘留28人，约谈624人，问责45人。
督察指出，北京市生态环境保护工作虽然取得积极进展，但压力传导不够与工作统筹不足的问题依然存在，一些长期积累的矛盾和问题尚未得到有效解决，城市环境管理比较粗放。
部分领导谈及大气污染就强调区域外来输入
督察指出，北京市环境保护工作存在压力传导层层递减，考核流于形式，追责不力等问题。部分基层领导干部在思想认识上习惯把环境问题归咎于客观原因，谈及大气污染就强调区域外来输入，谈到水污染就强调水资源不足，对主观原因和自身工作问题认识不足。
一些部门被批“履职不到位”。比如，北京市国土资源局违反相关规定，为北京哲君科技开发有限公司采矿许可证延期。北京市发展改革部门协调落实不力，致使全市本地发电量不降反增，外调电比例从2013年63.8%下降至2015年56.5%，给大气污染治理工作带来被动。
北京市清洁空气行动计划、水污染治理方案等均提出明确的任务目标和考核标准，但执行过程考核不严，问责不力。华能北京热电厂新增燃气发电机组（三期）项目未按时完成，但考核结果为完成；2014年怀柔等7个区清洁空气行动计划考核结果为不合格，但未按规定向社会公开，也未对有关单位和个人实施问责。
部门之间协同不够，建筑垃圾及渣土车管理由6个部门分段负责，轮流牵头，多头管理；煤质监管分工交叉，市级质监、工商部门互相推诿，2016年均未开展相应工作。
顺义区连续两年没有完成PM2.5浓度削减目标
督察组介绍了北京市大气环境治理所存在的薄弱环节。督察指出，大兴区2016年已成为全市大气污染最严重区域，督察进驻时仍有工业大院近70个，低端企业近万家，环境脏乱差问题突出。顺义区连续两年没有完成PM2.5浓度削减目标，降尘量位于北京市前列，一些已完成清洁能源改造的村庄存在复烧散煤现象。燕山石化2014年实施的VOCs治理减排项目中，截至督察时有3项没有正常运行，下属环境监测单位管理不规范。
北京市纳入监控管理系统的渣土车9000余辆，但由于管理不到位，有4800多辆实际脱离监控，导致非法倾倒问题时有发生。
此外，对外埠货运车辆尾气执法检测手段不足，处罚力度偏弱，多按低限处罚，且劝返效果不佳，罚款变相成为“过路费”。通过抽查发现，有的机动车检测场管理不到位，顺义区京顺机动车检测场不按标准规范进行检测操作，检测数据异常，存在重型车花钱过关现象。
每天约5万吨污水直排南沙河
督察指出，北京市环境基础设施建设滞后，运行管理比较粗放。2015年全市206个地表水监测断面中有106个不符合水功能区要求，劣V类断面占比39%；与2013年相比，全市有29个河流监测断面污染物浓度不降反升。
北京市9条有水的出境河流中，8条为劣V类。黑臭水体治理进展迟缓，2016年应完成19条黑臭水体治理任务，但截至2016年12月仅完成1条。
污水直排或超标排放问题突出，朝阳区小红门污水处理厂长期超负荷运行问题一直未有效解决；昌平区北京科技商务区再生水厂建设迟迟没有进展，导致每天约5万吨污水直排南沙河；百善再生水厂因管网配套严重不足，2013年6月建成后长期闲置。
饮用水水源保护区内仍存在违法违规项目，密云水库饮用水水源二级保护区内仍有放马峪铁矿等3家公司继续生产，未按要求在2008年底前关闭。
列入计划的14座污泥无害化处理工程无一按期建成
督察指出，北京市生活垃圾和污泥处置问题突出，目前，全市在用21家生活垃圾处理设施中有11家超负荷运行；列入计划的14座污泥无害化处理工程无一按期建成。
北京排水集团下属污水处理厂每年产生约90万吨污泥，70%送往四个污泥临时堆场，恶臭扰民，隐患突出。
垃圾渗滤液违规处置问题严重，9家垃圾转运站有3家未配套建设渗滤液处理设施，部分垃圾填埋场违反国家规定，将渗滤液运至污水处理厂或粪便消纳站处理，甚至直接排入市政管网；高安屯餐厨垃圾处理厂渗滤液去向不明。
此外，全市17家粪便消纳站，具备生化处理能力的只有8家，多数难以达到纳管排放标准。餐厨垃圾收集处理能力严重不足，多数餐厨垃圾去向不明。
