从日本军队进入南京后离开该城的外国记者那里得到的消息表明，除了那些有外国人住的地方，日本军队实际上进入了南京每座建筑，并有计划、有组织地抢劫了住所和商店，对留在城里的中国人包括那些在难民区的人进行了大规模的抢劫和许多不分青红皂白的射杀和杀戮。
据统计，南京大屠杀造成的南京市民财产损失约合法币2.46余亿元，折合7192万美元（汇丰银行1937年7月间美元兑换法币的汇率约为1∶3.42）。其中房屋损失约1.03亿元，占损失总值41.9%；动产损失1.43余亿元，占损失总值58.1%
另外，据目前掌握的市民财产损失档案资料进行保守计算，大屠杀期间5865户南京市民家庭遭遇灭顶之灾，财产损失折合战前(1937年6月)币值不低于1.67亿元，户均损失28474元。
战前南京每个就业人员的日平均工资约1.01元，平均每户家庭每天收入1.23元。以1937年6月南京市共有200160户计，仅目前统计的损失数额，即相当于战前南京全部市民家庭约678个工作日(近2年)的收入。
另外，需要进一步说明的是，这组数据只是这些市民直接财产损失的部分；其间接损失方面，由于市民在填报损失报告单时，几乎没有填具，因此很难予以计算。国民政府定都南京之后，南京很快成为全国政治、文化中心，城市建设进程十分迅速，城市人口的增长更为惊人。到全面抗战爆发前，南京已经发展成为拥有百万人口的大城市。大屠杀期间，南京市民遭受日军劫掠暴行的肯定远远不止这5865户。
不论是富裕如王嶷峰家庭者(财产损失近400000元)，还是贫穷如郭文贤家庭者(财产损失为257元)，日军对南京市民家庭采取的是无分别的焚毁、劫掠暴行，洋房、平房、草房，古玩、字画以致生活用品如桌椅、锅碗等，均在日军毁坏、劫掠之列。
据南京国际救济委员会的调查，“在南京，31%的建筑被摧毁，46%的建筑被洗劫一空，23%的遭到了轻微的抢掠”。伪督办南京市政公署的调查则显示，“房屋被毁，农具损坏，种籽、耕牛缺乏，约在百分之九十以上”。
八一三事变爆发后，特别是1937年8月15日日机对南京进行首次空袭之后，南京市民开始陆续向外地迁移，如果仅拟取伪督办南京市政公署在战前所的164476户作为统计，并把南京国际救济委员会其中遭受轻微抢掠的23%忽略不计，将遭受财产损失的南京市民家庭的比率确定为77%，则南京大屠杀期间遭受财产损失的市民家庭的总户数应在12万户以上。
遗留创伤难以估量
南京沦陷后，市民私人财产损失殆尽。特别是生活资料被劫掠、毁坏，房屋被焚烧、拆除、强占等，打乱了市民的正常生活，使其生活水平急剧下降，居无定所，颠沛流离，受尽苦难。
市民李伯潜家世居南京市新桥船板巷22号，其父李宝如经营丝经缎业三十余年，其母吴氏为丝经缎业专门人才，精研缫抽烘焙，战前经营门庭若市。日军入城后，其母被日军杀害，“财产均遭日寇肆意掠劫”，“严父忧愤之余精神失常且患肝风”。遭此劫难，李氏三兄弟“在啼饥号寒之余，离乱伤止之后，失学而兼失业矣”，他们深感“束手无策，谋生乏术，茫茫大地，无处存身，真有求生不得，求死不能之苦况”。
水西门外程泰记、程才记两木材行不仅在日军入城后店铺“全部被焚一空”，“所有遗存滩上河下之木材自本年二月七日起即陆续为军队用卡车拖取，现已搬运一空，分文未得”，“计程泰记木行被取木材约值七八千元，程才记木行约值一万五六千元之谱”，并有账册可供查考。据伪督办南京市政公署调查，“该程泰记、程才记两行系弟兄关系，素有声誉，现两家五六十口之生活均甚维难，睹之甚堪痛心”。
即便是曾任伪南京市自治委员会会长的陶锡三，日军也不将其放在眼里，其住宅照样遭到日军洗劫：“所有全部红木家具及衣箱、瓷铜器与一切用品，约值四、五千元，被劫一空，尚不足惜。惟内有佛堂一间，供奉老祖乩笔画像及神圣佛像与历代祖宗神位、父母遗像，并道院传授《太乙北极真经》及《午集正经》、《未集经髓》与各种经典，为修道以来十六年身心性命所寄托，日日馨香奉祀者也。今竟全行被劫，闻之伤心涕泪，悲泣如丧考妣，痛不欲生”。陶为此事要求日特务机关处理，结果也未予办理。
日军不仅给市民造成重大损失和伤害，也使南京城遭受重创。南京鼓楼医院美籍医生威尔逊(Robert O. Wilson)曾记述：“当我结束了对150例在我照看之下病人的查房后，我离开医院去吃晚饭，一轮满月正升起在紫金山顶，无以言状地美丽，但它俯瞰下的南京竟至荒凉到比太平天国时尤甚。十分之九的中国人逃离了家园，只有那些游荡着的四处劫掠的日本人。”
日军的大规模纵火使1920年代以来南京的城市建设成就几乎毁于一旦，南京交通银行会计主任黄钰在赴京调查报告书中写道：“自寇军进城，以达本年二月初，首尾几二月，火焰方熄，各街民房，被毁亦綦多。”伪南京市自治委员会在1938年3月清洁全市道路计划书中，描述南京城劫后的情形：“城厢内外商铺、店户房屋焚毁倾倒，比比皆是”，“全市大街小巷房屋焚毁之余烬，即残余木料、瓦屑、碎砖、破墙灰土、废坏钢铁，以及折断电杆、电线等物，七倒八斜，零零落落，途为之塞。”
一些富有历史内涵的房屋也被日军大量焚毁。如有300多年历史的明末清初画家龚贤的故居“半亩园”，被驻守在园内的日军士兵的炊火所烧毁。日军对市民家用及经营用财产的劫夺、破坏，造成萧条的市面经济与大批陷于谋生困境的失业市民，严重影响南京城市经济的发展，使其恢复重建面临严峻挑战。伪南京市自治委员会在兴办市政事业计划书中曾提到，“本市百业衰落，一时殊难恢复”。日军特务宣抚班在其报告书中也承认：“难民区解散后，在对返归原居住地的难民的安置上，特别是在给他们找工作方面，难度相当大。这种情况与物资不足相伴，在资金匮乏，没有金融渠道的今天，阻碍了城内商民的商业复兴。”留宁美国传教士马吉(John G. Magee)在日记中也曾悲观地写道：“很难想象南京的未来会是怎样，但可以确定一点，南京要恢复元气需要很多年。”
经过十年建设的民国首都南京，按照正常的发展规划与速度，一个国际化的大都市是指日可待的。日军的入侵及其对城市主体——南京居民的屠杀、财富的劫掠、基础设施的毁坏，严重打断了南京城市正常的发展步伐。抗战胜利国民政府还都3个月后，南京城“依然满目疮痍，是诚创巨而痛深者矣”。
