6月16日，据《第一财经日报》，海航集团对一财记者独家回应称：海航集团股权结构的形成过程合法合规，没有任何中国官员及其亲属持有股份。海航集团方面还表示，集团股东将陆续把股权捐赠给公益基金会，其中约60%的股权捐赠给境内的慈航基金会，约40%股权捐赠给境外的Cihang Foundation。
海航集团也否认了此前外界对于海航股权结构复杂、隐形高官大股东的猜测。其在对一财的回应中表示：没有任何中国官员及其亲属持有股份。传闻中的Guanjun是作为私人投资者间接持有海航集团股份，但不是最大股东。
根据海航集团公司债券年度报告显示，目前海南交管控股有限公司以70%的持股比例成为海航集团控股股东，慈航基金会通过海南交管控股有限公司、盛唐发展（洋浦）有限公司间接控制该公司，为该公司的实际控制人。另据一财报道，海南省慈航公益基金会通过控股盛唐发展（洋浦）有限公司65%的股权，间接控制海航集团22.75%的股权。
2015年11月，“海航系”旗下七家上市公司海航投资、渤海租赁、凯撒旅游、海岛建设、西安民生、天海投资和九龙山同时公告称，海南交管控股有限公司成为海航集团控股股东。
公开资料显示，慈航基金会是由海航集团发起，于2010年10月8日设立的非公募基金会，原始资金为人民币2000万元，全部由海航集团捐赠。2013年，海航创业团队向慈航基金会捐赠第一期海航集团30亿元的股权，并计划逐步将20%股权、价值85亿元的资产捐赠给慈航公益基金会。
今年6月10日，海航集团曾发表声明，否认了此前关于中国政府高级官员及亲属持股、在飞机采购中及跨境并购中的违规等行为。
声明全文如下：
海航集团有限公司声明
郭文贵先生关于对海航集团的指控，包括中国政府高级官员及其亲属持有海航集团股权、787公务机上的不正当行为、在飞机采购过程中及跨境并购的违规行为等，是完全没有事实根据、虚假的指控。海航集团保留追求所有法律途径进行维权的权利。
