11月23日，中央第七环境保护督察组向云南省反馈了督察情况。至此，2016年第一批环境保护督察8个督察组已全部完成督察任务。
根据中央安排，7月12日至16日，8支中央环境保护督察组分别进驻内蒙古、黑龙江、江苏、江西、河南、广西、云南、宁夏8省区，重点了解各省落实国家环保决策部署、解决突出环境问题、落实环境保护主体责任等情况。
统计数据显示，从7月12日至9月30日，8个督察组共计交办群众来电来信举报13316件，地方已办结13074件，其中责令整改9617件，立案处罚2659件，共计罚款1.98亿元；立案侦查207件，拘留310人；约谈2176人，问责3287人。
中央第七环境保护督察组组长贾治邦通报了督察意见。督察发现，在新《环境保护法》实施后，云南省2016年重点建设项目中，仍有55个未批先建 。
违规开发建设的情况较多
贾治邦指出，云南省存在“边治理、边破坏”“居民退、房产进”现象。
从湖泊水质来看，目前，星云湖、杞麓湖、异龙湖水质仍为劣Ⅴ类，个别指标恶化趋势明显。滇池、阳宗海、程海水质有所改善，但仍未达到规划目标要求。抚仙湖、泸沽湖、洱海水质总体良好，但部分近岸水域水质不容乐观。
督察发现，九大高原湖泊规划治理项目总体进展缓慢，洱海流域、滇池流域、牛栏江流域分别还有56%、64%和84%的村庄应建而未建成污水处理设施。投资超过4亿元的昆明市主城区污泥处置项目，因选址原因不能如期建成发挥作用。异龙湖周边还有5591亩耕地尚未完成退耕还湖工作。
督察发现，《云南省抚仙湖保护条例》颁布施行以来，金色抚仙湖九龙国际会议中心项目违规在抚仙湖一级保护区建成酒店、公寓、别墅等，总建筑面积约14万平方米，至今仍在对外销售。
2012年5月，玉溪市澄江县违规批准老鹰地旅游度假村项目，在抚仙湖一级保护区建成高尔夫球场、景观水池、人工沙滩等，总计建筑面积约8.7万平方米。
2013年5月，玉溪市城市规划建设委员会又批准仙湖锦绣项目，在抚仙湖一级保护区违规建成售楼部、景观水池、人工沙滩等，涉及建筑面积约1.3万平方米。
贾治邦还指出，在新《环境保护法》实施后，全省2016年重点建设项目中，仍有55个未批先建 。部分国家投资建设的医疗废物集中处置项目因管理不善而停止运行。全省70个省级以上工业园区中，有57个未建成集中式污染治理设施。
重金属污染治理推进不力
督察组认为，违规建设突出源于云南省一些地方和部门不少领导同志认为云南省生态环境基础好，环境容量大，有点污染无所谓，环境保护工作主动性不够。一些地区“靠山吃山、靠水吃水”的思想明显，利用河流湖泊、自然生态等景色优势违规开发建设的情况较多。
督察反馈报告直指云南省金属污染治理推进不力。国家《重金属污染综合防治“十二五”规划》要求云南省在2015年底前建成19个历史遗留重金属污染综合治理工程，目前仍有12个尚未建成。
与此同时，《全国危险废物和医疗废物处置设施建设规划》要求2013年底前建成投运的曲靖市危险废物集中处置和红河州危险废物集中处置两个项目，至今尚未建成，导致大量危险废物得不到集中无害化处置，环境隐患突出。
此外，2014年获得中央财政资金支持的黑冲河重金属污染综合治理工程、冲坡哨片区工业“三废”集中处置场建设工程，至今尚未动工。
督察反馈报告还提到，个旧市政府明确，2012年底前需淘汰鸡街片区12家鼓风炉粗铅冶炼企业，至今仅淘汰1家。
重点流域保护区违规开发问题时有发生
2013年以来，有关企事业单位违反《自然保护区条例》，在大山包黑颈鹤国家级自然保护区缓冲区建成有机生态实验农场养殖场9623平方米，在保护区核心区建成2处旅游设施，面积约4000平方米。
贾治邦指出，针对上述违规建设问题，有关地方政府和部门监管不力，整改不力，导致相关问题至今仍然存在。
督察还发现，牛栏江流域是云南省重点保护的调水水源区。2013年11月和 2014年7月，昆明市有关方面违反《云南省牛栏江保护条例》，批准云南安一精细化工有限公司在牛栏江流域重点污染控制区建成5万吨/年草甘膦原药及其配套装置。
2012年12月和2014年1月，昆明市有关部门和区县分别违规批准云南常青树化工有限公司在牛栏江流域水源保护核心区建设6000吨/年氟化铝项目和5万吨/年磷酸盐项目，目前两个项目均已建成。